日本赤十字社では、本社及び支部の決算及び事業について、それぞれ本社の監事及び支部の監査委員が毎年度監査を行い、代議員会で監事からその結果を報告しています。

本社に属する会計（本社直轄施設の会計も含む。）については、監事による監査に先立ち、公認会計士による実地監査を行っています。支部に属する会計（支部管下施設の会計も含む。）についても、大部分が公認会計士等の専門家による予備監査を受けています。一部の支部では公認会計士等の専門家が監査委員に就任しているところもあります。

また、決算時のほか、支部・施設を対象に、本社職員を派遣して実地に行う業務監査（「指導監査」）も実施しており、法令・規則を遵守した適正な業務が執行されるよう指導を行っています。