献血していただいた血液が、輸血用血液製剤や血漿分画製剤として医療機関に届けられるまでには、献血施設（献血ルーム、献血バスなど）の設備、献血に使用する採血針等の器具などの材料費、検査、製剤、供給など数多くの経費がかかります。これら献血の受入れから、患者さんに血液をお届けするまでの経費をまかなうため、血液製剤には国が定める値段（薬価）がつけられています。医療機関では、この血液製剤を使用する時に血液センターにその費用（薬価）を支払います。病院に対しては、患者さんが加入している健康保険や国民健康保険などからの給付と、患者さん自身の一部負担金により支払われます。血液事業の運営は、主にこの医療機関からの収入でまかなわれています。

【血液事業の収入】
収入の約90％は、血液製剤（輸血用血液製剤、分画製剤）を医療機関に届けたことにより得られた収入です。その他、国内製薬企業へ原料血漿を送ったことによる収入、献血者の健康増進を図る事業に対する国からの補助金などがあります。

【血液事業の支出】
支出のうち、約50％は献血の推進・献血者受入れのための費用及び献血をしていただく際に使用する器具や献血ルーム等にかかる費用です。その他、血液検査や血液製剤の製造、調査・研究のための費用、血液を医療機関へ届けるための費用などがあります。